Imagen 4D. Informacion del potencial electrostatico montado sobre una isosuperficie de la densidad electronica. Nitrobenceno.
Software
abinit
Este es un paquete en el cual, el programa principal, permite encontrar la energía total, densidad de carga y la estructura electrónica de un sistema hecho de electrones y sus nucleos (moleculas y sistemas periódicos) dentro de la teoría de funcionales de la densidad (DFT), usando pseudopotenciales y bases de ondas planas. ABINIT también incluye opciones para optimizar la geometría; de acuerdo a las fuerzas y estreses de DFT, o realizar simulaciones de dinámica molecular usando fuerzas; o bien, generar matrices dinámicas, cargas efectivas de Born, y tensores dieléctricos. Se pueden calcular estados excitados con DFT (para moléculas), o dentro de la teoría de perturbación de muchos cuerpos. win nix mac
ACD/Name Freeware for ISIS/Draw and ISIS/Base
Este programa genera con exactitud nombres sistemáticos, de acuerdo a las recomendaciones de la IUPAC en la Nomenclatura de la Química Orgánica, para casi cualquier estructura orgánica hasta de 50 átomos. win nix
ADVASP Lite
El software de análisis de espectros ADVASP está diseñado para espectros de IR, masas y RMN. Diseñado para químicos que necesitan insertar espectros en reportes y documentos. Versión de prueba de 30 días. win
AIM2000
Es un programa para analizar y visualizar átomos en moléculas. Este demo es limitado, así que sólo se permiten funciones de onda con un máximo de 8 núcleos, 14 orbitales y 128 funciones primitivas. win nix
AIMPAC
Programa para analizar átomos en moléculas. source nix wix
Alidot
Diseñado para detectar estructuras secundarias conservadas de RNA en pequeños grupos de datos
de secuencias relacionadas de RNA. nix source
Babel
Es un programa para interconvertir distintos formatos de archivos actualmente usados en el modelaje molecular. nix max
BALL
Es una aplicación grande de framework en C++ para modelaje molecular. Poveé un set de datos de estructuras extenso, así como clases para mecánica molecular, métodos avanzados de solvatación, comparación y análisis de estructuras de proteínas, importación y exportación de archivos, y visualización de ellos. win nix mac
Balss & Sticks
Este programa está diseñado para crear imágenes 3D (OpenGL) y animaciones de cristales. win
BatchMan
Interfase gráfica con dos programas para cálculos cuánticos (MOPAC V6 y GAMESS) y una aplicación de conversión de formatos de archivo (Babel) que permite importar archivos de entrada o exportar resultados. win
BIGMAN
La Configurational Bias Monte Carlo (CBMC) es una técnica para el cálculo computacional de propiedades termodinámicas de moléculas flexibles. Se ha usado para estudiar el comportamiento de adsorción de alcanos lineales y ramificados en zeolitas y el equilibrio vapor-líquido de alcanos lineales y ramificados. nix
Rasmol
Programa para la visualización de archivos .pdb de la base de datos de proteínas
Chime
Es un plug in que permite la manipulación de figuras tridimencionales tanto en Explorer como en Netscape. Muy útil para cambiar la forma de visualizar moléculas en formato PDB
Protein Explorer
El programa permite investigar estructuras de macromoléculas y la relación con su función. Se pueden visualizar en 3D: proteínas, ADN y las macromoléculas. También se pueden visualizar sus interacciones y enlaces
3D Angels
Visualizador de estructuras en tres dimensiones. Permite observar moléculas desde distintos ángulos, los tipos de enlaces, e identificar isómeros.
Model ChemLab
Simulación de un laboratorio de química. Se pueden utilizar distintos equipos de laboratorio.
ChemSymphony
Plataforma que interactúa con applets de Java con la que se pueden crear estructuras en tres dimensiones para poder utilizarlas en archivos del formato HTML.
eadfrith
Programa sencillo para visualización molecular.
GRASP
Graphical Representation and Analysis of Structural Properties. Este software sirve para visualizar y analizar moléculas. Especialmente útil para mostrar y manipular superficies y sus propiedades electrostáticas.
HyperChem
Evaluación de 10 días. Permite ver y modificar moléculas.
ChemSketch
Interface de dibujo que contiente muchas herramientas analíticas, y facilita la trasformación de datos estructurales y analíticos en reportes o presentaciones profesionales y fáciles de decifrar.
Molden
Es un software para mostrar la densidad molecular de los paquetes Ab Initio GAMESS-UK, GAMESS-US y GAUSSIAN, y los paquetes semi-empíricos Mopac/Amppac. El programa requiere información de archivos de salida de GAMESS/GAUSSIAN.
MOLDRAW
Es un programa para mostrar y manipular estructuras moleculares y cristalinas.
MOLEKEL 4.3 (Gratis)
· MOLEKEL es un paquete interactivo gráfico molecular 3D, calcula y despliega tanto isosuperficies como orbitales moleculares en color, puede generar animaciones de frecuencias y series de coordenadas entre otras muchas funciones. Soporta formatos de archivos de Gaussian, Gamess, ADF, Zindo, NBO,etc.
